Окончила Музыкальное училище при Московской консерватории (1990, класс преподавателя Л.Н. Гущиной), Московскую государственную консерваторию имени П.И. Чайковского (1995, класс профессора Ф.С. Дружинина) и ассистентуру-стажировку консерватории по специальности «сольное исполнительство» (1997).
В 1995-2001 – ассистент профессора Ф.С. Дружинина в Московской консерватории, в 1997-2007 – преподаватель-консультант сектора педагогической практики Московской консерватории, с 1995 – преподаватель класса альта в Академическом музыкальном училище при консерватории.
Екатерина Маркова – участник Государственного Струнного квартета им. С.С. Прокофьева (с 1998).
В составе этих коллективов участвует в различных музыкальных фестивалях в России и за рубежом.
Лауреат I Всероссийского открытого конкурса им. С.И. Танеева в составе «Анима-квартета» (1996, I премия и специальные призы). Имеет записи на радио и CD.
Автор транскрипций и редакций произведений для альта и фортепиано; составитель Рабочей учебной программы по классу альта для ДМШ.
Солистка ансамбля Студия новой музыки с 2006 года.